抗战胜利后，学校陆续迁返集美，修复校舍，继续办学。解放战争时期，师生们和远在南洋的陈嘉庚先生相互守望，共同迎接全国解放和学校的新生。

      校舍严重损毁

    1937年前，集美学校原有楼房20多座，平屋几十座，历年来所用的建筑费达300多万元。自从厦门沦陷日寇之手，集美美丽的校舍就经常受到敌机、敌炮的轰击。在敌人的狂轰滥炸下，集美学校全部校舍都遭到破坏，有的被燃烧弹烧成一座空壳，有的被炸弹大炮轰成一片瓦砾，即使没有倒塌的，也被炸弹枪弹打得百孔千疮。第二号渔轮被填沉了，集美第一号、第三号实习轮也被毁坏了，两艘端艇停放在码头，连端艇室一起被炸得尸骨无存。尤其可惜的是图书馆所藏的二十多年来京沪各大报的合订本，也被炸光了。至于桌椅床铺被炸毁及损失的，数以万件，根本无法统计。

       校舍修复与回迁

   1945年4月，学校为复迁开始修复校舍，先后修复了允恭楼、尚忠楼、诵诗楼、文学楼、敦书楼、科学馆、崇俭楼等等。到1946年秋，复迁计划的前两期工作业已完成。
　　学校内迁大田县七年半。l945年下半年，水产航海学校在集美原址上课；商业学校在安溪县城上课。1946年1月，商业学校迁返集美。春季，科学馆修复后，分散在各地的设备运回集美，集中整理后开放，教室、实验室、陈列室、暗室、X光室等均恢复原样。同时，重整气象台，增设播音室，各校还装设收音机，以充实电化教育。夏季，图书馆修复后，全部图书集中整理。
　　1949年4月，商得陈嘉庚同意，筹设航海专科学校，并报请教育厅转教育部立案。同月，陈嘉庚函示绘制集美学校扩大计划蓝图。

      提高学生素质 活跃校园生活

    复迁以后，学校对于环境的整理、设备的补充均竭尽心力，以图恢复战前旧观。在设备方面，校董会已另设图书馆、科学馆、医院等独立机构，以供各校应用。学校把学生素质的提高作为首要任务，在课程调整、教材选择、加紧课业进度等方面无不积极进行。其他如考试制度的改善、录取新生采取宁缺毋滥的主张等，都务使学生程度能达到理想的目标。至于课外活动，学校也多方策动，以求学生身心高度发展。
　　商业学校创办的初衷，原为造就大批商业专门人才，使其出校后能负起振兴我国幼稚工商业之重任。故在校中之施教方针，不但注重商业学识之研究，对于实际应用技术之训练，仍不弛松。为使学生有实际练习的机会，除了到外单位联系实习外，还自己开设实习银行，实习商店等。1947年，学校商请集友银行拨助开办费数百万元，在校内设立一所实习银行，除经理、出纳二职由学校请职员兼任外，其余营业、会计概由应届毕业生的高l5组同学轮流担任。1948年，高17组学生自己集资开办了一个实习商店。
　　高级水产航海职业学校于1945年秋迁回集美学村原址，修葺原有之允恭楼及崇俭楼等为校舍。复员之后，学校注意改进校务，精简行政机构，增进工作效率。
　　学校强调实训，增定一个 《调查规则》。为使学生明了沿海各县渔村状况，学校特地组织渔村调查访问团。调查访问时间于假期举行，二年级下期学生，全体均须参加。调查范围包括渔村的社会组织、经济状况、渔村的教育及生活状况，渔船渔捞的方法、渔具的使用及改进、渔获物的运销等。团员须逐日将调查及访问心得填载于调查日记及报告书，返校时呈交教导处，以凭考核。
　　进行专业改革。1947年9月，高级水产航海职业学校分设航海、渔捞两科，打破了沿用27年的渔航混合设置，在专业设置上是一大改革。1947年秋季，招收航海科新生43名，渔捞科新生30名，分别编为高21组航海、高21组渔捞。渔捞科只招一届学生就停办了，为主办航海科，至1951年春季再复办渔捞科。
　　在训育上仍然采取导师制，但一个较大的改革是，导师的人选不像以前那样由校长选聘，而是由学生认选，导师又分为单个学生的导师和各组学生的导师。为使导师工作规范化，学校专门制定了 《导师制纲要》。
　　培养自治能力。在日常管理方面，学校在指导思想上也有明显的改变。以“自治代管理，身教代言教”为原则，多与学生接近，打破师生间隔膜，养成敏捷、纯正、认真、勇敢、勤劳、守时、坦白等良好习气。在培养学生的自治能力方面，学生自治会发挥了重要作用。学生自治会还设有膳委会，由各组学生选出代表参加竞选。膳委会每天派二人到厨房监督全过程，称米称菜，逐项核算。
　　为了实行民主理财，学校还成立了一个“经济稽查委员会”，由校长、训导、事务及各组学生代表各一人组成。该委员会的任务是稽查学校为学生代办代收款项的支配情况，使学生明了各项收支的实际情形。虽然在这个时期“以自治代管理”，但在内务管理上仍像以前采取军事化的严格管理。学校把军训纳入教学计划，每学期军训时间为36小时，三年共216小时。学校还完善管理规定，编成 《学生须知》，使管理有章可循，使学生知所趋避。

    集美解放

1949年5月，国民党军队占据了学校所有教室、办公室和学生宿舍寝室，构筑工事准备负隅顽抗，校舍成了军营。9月21日，解放集美的战斗打响，中共中央军委副主席周恩来的指示：“集美学校是爱国华侨陈嘉庚先生创办的，一定要保护好。”人民解放军决定不组织炮兵火力进行攻击，全部使用轻型武器。23日集美解放。学校校舍得到保护，师生无一伤亡，但人民解放军付出了巨大的伤亡。
　　正当学校师生喜气洋洋地开始新时代的学校生活时，1949年11月11日，国民党军队巨型轰炸机八架次轮番轰炸集美学校，投下重磅炸弹32枚。学校遭此惨变，不得已宣布暂时停课，并令学生暂时疏散回籍。学校一面清理被炸校舍，处理罹难员生善后事宜；一面派员分赴各地选择临时校舍，准备迁址复课。
　　12月，陈嘉庚回到集美。看到学校被炸，他无比愤怒，但“并不悲伤”。他说：“这是最后一次的轰炸，以后我们就可以努力加强建设了，我们应该为集美的新生而欢呼。”
（资料来源：《集美学校百年校史》、图书馆嘉庚研究数据库）